Tapatío fue campeón el torneo pasado, sin embargo, una derrota contra Celaya en la última jornada del Clausura 2025 los dejó fuera del torneo.
Al igual que el primer equipo, Tapatío se quedó fuera de la liguilla de la Liga de Expansión por la diferencia de goles. Sin embargo, la derrota de la filial del Guadalajara fue aún más dolorosa debido que el equipo había quedado campeón el torneo pasado.
Con la derrota contra el equipo guanajuatense, los dirigidos por Arturo Ortega terminaron en la décima posición de la tabla general con 19 unidades luego de seis victorias, un empate y siete derrotas.
Contrario a lo que demostraron el torneo anterior, este Tapatío fue inconsistente en la cancha. Figuras clave en el título de liga, como Hugo Camberos o Teun Wilke, abandonaron el equipo, lo que causó estragos en el esquema de Ortega.
Pese al pésimo torneo, el Guadalajara todavía tenía oportunidad de meterse a la siguiente ronda. Sólo necesitaba conseguir un empate para clasificar, pero un gol Eduardo del Ángel en la primera mitad sentenció a los rojiblancos.
